Em sua primeira passagem pelo Flamengo, em 2005, o técnico Cuca teve problemas de relacionamento com Jônatas. Contudo, o treinador assegura que isso não se repetirá e pretende selar a paz com o volante, a quem direcionou uma série de elogios.
Em 2008, sob o comando de Caio Júnior, o jogador teve poucas oportunidades e, durante a maioria das rodadas do Campeonato Brasileiro, não foi sequer relacionado para as partidas. Cuca espera mudar esta realidade.
"Eu acompanhei o andamento do time no ano passado e ele realmente jogou muito pouco, acho que apenas trinta e cinco por cento das partidas. O Jônatas é um jogador técnico, com um passe muito bom e ótima visão de jogo. Pretendo aproveitá-lo", disse o comandante, à Rádio Brasil.
E mesmo que não quisesse o jogador, Cuca teria que suportar a convivência com Jônatas. O volante tem contrato com o Flamengo até o meio do ano e a diretoria já avisou que irá mantê-lo. Há, inclusive, a possibilidade de o vínculo ser prorrogado até dezembro.
Revelado pelo Rubro-Negro, Jônatas foi negociado com o Espanyol-ESP em 2006, mas não rendeu o esperado. Em janeiro de 2008, o Flamengo conseguiu repatriar o jogador por empréstimo de um ano e meio. Contudo, o rendimento foi decepcionante.
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